Après l'obtention d’une Maîtrise d’aménagement du territoire à Tours, avec spécialisation dans l’aménagement des Parcs et Réserves naturelles en 1974, Jacques Trotignon participe activement à l'élaboration du projet de Parc national du Banc d’Arguin, en Mauritanie, créé en 1976 avec l’appui de Théodore Monod, puis il devient conseiller du directeur de ce Parc durant 3 ans (1977 à1980) afin d’en assurer le lancement… "Une expérience unique, qui aura le mérite de me faire comprendre que la notion du temps des Mauritaniens n’est pas la même que la nôtre !"
Puis il participe en Brenne, à l’instigation du président de la fédération des chasseurs de l’Indre (Henri de Ponchalon) à la création de la Réserve ornithologique de la Gabrière (1983), réalisation alors très novatrice associant associations naturalistes et chasseurs, puis élaboration du projet de la Réserve naturelle de Chérine (1983).
Enfin, il devient directeur de la Réserve naturelle de Chérine à compter de 1985 et chargé de mission au WWF à partir de 1992, avec notamment la création du réseau des Gîtes Panda.
Nous l'avons rencontré entre deux étangs de Brenne, son pays d'adoption qu'il défend avec ferveur et diplomatie depuis si longtemps.