La SFDP a été créée le 25 Mai 1987. Ses statuts reposent sur la législation française relative à la Loi de 1901.
A l'instigation de la Sociéte Internationale de Primatologie (International Primatological Society - I.P.S.) et de primatologues français présents au congrès de cette société à Göttingen (Allemagne) en 1986, une enquête préliminaire a été confiée à Bertrand Deputte pour évaluer le bien-fondé de la création d'une société française de primatologie. Au vu du résultat positif de cette enquête, une société savante, la Société Francophone de Primatologie, a été fondée le 25 Mai 1987, au Parc Zoologique de Vincennes, au cours d'une assemblée préparée et animée par Bertrand Deputte.
Cette assemblée constitutive réunissait des chercheurs de la station Biologique du CNRS à Paimpont, des membres de l'Université Louis Pasteur de Strasbourg, des membres du Muséum d'Histoire Naturelle, des chercheurs de l'INSERM, des chercheurs de l'Armée, et des responsables de parcs zoologiques publiques et privés. De cette communauté, a priori hétérogène, est née la SFDP avec l'idée que tous devaient unir leurs efforts pour promouvoir la connaissance des primates étudiés, leur protection et leur conservation in situ aussi bien qu'ex situ.
La spécificité de la SFDP en tant que Société de primatologie dans le monde était en outre de revendiquer et d'affirmer le souci d'utiliser la langue Française comme véhicule d'échange entre ses adhérents. Plus de dix ans ont passé et la SFDP regroupe aujourd'hui, sur la même base d'ouverture d'esprit, 200 adhérents issus d'une grande diversité de milieux scientifiques et professionnels. La pérennité de la SFDP tient probablement à la volonté de ses fondateurs d'avoir dès la création de la Société organisé des colloques, sur une base annuelle.
Ces colloques qui regroupaient au départ environ 60 participants ont grossi et regroupaient ces 4 dernières années environ 100-150 participants.
La SFDP accueille au sein de son Conseil d'Administration un représentant de l'International Primatological Society (IPS) et de l'European Federation for Primatology (EFP).
L'action la plus remarquable de la SFDP durant ces dernières années a été sans conteste l'organisation du XIV Congrès de la Société Internationale de Primatologie à Strasbourg, où plus de 1000 participants provenant de 62 pays se sont retrouvés.