Il existerait autour de 8 millions à 10 millions d’espèces vivantes sur Terre, dont un peu plus de 2 millions seulement ont été décrites. La taxonomie, travail de fourmi, a parfois lieu alors que l’espèce identifiée a déjà disparu.
De la queue au menton, la description tient en un gros paragraphe. « Au-dessus du coude, les bras s’assombrissent progressivement jusqu’aux mains noires. (…) Le visage est noir avec un large museau blanc charnu et de larges anneaux blancs qui encerclent complètement les yeux. Les poils de la tête forment une crête ou sont au moins longs et irrégulièrement structurés. » Entre les lignes de ces considérations physiques et capillaires se cache un petit événement pour la science : la parution de cette description dans une publication scientifique, ici le numéro de novembre de la revue chinoise Zoological Research, fait officiellement du langur de Popa, ou Trachypithecus popa, une nouvelle espèce de primate.
Cette découverte est le résultat d’années de travail, d’une collaboration internationale et de bouleversements géopolitiques. Il a d’abord fallu que la junte birmane quitte le pouvoir et que le pays s’ouvre aux chercheurs étrangers, au début des années 2010. Ensuite, des scientifiques ont dû aller sonder les populations locales sur la présence de la faune. Puis effectuer de longues marches de repérage et collecter des indices de la présence de ce petit singe farouche en ramassant ses excréments sur le mont Popa, un volcan endormi du centre de la Birmanie.
Il a encore fallu comparer les données récoltées avec celles des autres pays de la région. Avoir recours aux techniques les plus modernes en faisant analyser des échantillons d’ADN. Et remonter des pistes jusqu’aux muséums d’histoire naturelle de New York, Singapour ou encore Londres, où un spécimen de langur de Popa était conservé depuis plus d’un siècle. Un véritable effort d’enquête qui a permis de confirmer que cet animal s’est séparé d’autres espèces connues il y a un million d’années. « A peine décrite, cette nouvelle espèce, dont il reste moins de 250 individus, est menacée d’extinction », a dès la découverte rappelé Frank Momberg, directeur du programme Asie-Pacifique de l’ONG Fauna & Flora International.
Système binomial
Les découvertes de nouveaux primates – dont on ne compte que 512 espèces – sont rares, mais ont souvent un écho mondial. A la différence de quasiment toutes les autres : chaque année, environ 20 000 nouvelles espèces sont décrites sans tambour ni trompette. De petites pierres qui s’ajoutent à cet édifice monumental qu’est l’inventaire des végétaux et des animaux, entamé il y a plusieurs siècles. Une tâche colossale et un travail de fourmi qui se poursuit, espèce après espèce.
L’an zéro de cet inventaire moderne remonte à la parution, en 1758, de la 10e édition du livre Systema Naturae, de Carl von Linné, forte de 8 000 espèces : le naturaliste suédois invente le système de classification binomial. Aujourd’hui encore, chaque espèce est décrite par deux mots – le genre et l’espèce – à consonance latine. La taxonomie s’affirme en tant que discipline scientifique. Les XVIIIe et XIXe siècles sont ceux des explorations et des grands voyages. Des spécimens récoltés dans des pays lointains viennent enrichir les collections. Darwin, Wallace, Bates… Des naturalistes font des découvertes majeures permettant de comprendre les mécanismes de l’évolution.
A la fin du XXe siècle, les scientifiques ont décrit 1,5 million d’espèces et imaginent qu’il leur en reste à peu près autant à découvrir. L’horizon semble atteignable. Mais un entomologiste – un spécialiste des insectes – américain va balayer ces certitudes. Au début des années 1980, Terry Erwin asperge une espèce d’arbre de la forêt tropicale du Panama d’un neurotoxique violent qui paralyse les arthropodes. Au pied de l’arbre, il récupère plus de 1 000 espèces. De ses travaux, il déduit qu’il pourrait y avoir jusqu’à 30 millions d’arthropodes sur la planète.
A la même époque, le scientifique américain Edward O. Wilson participe à l’invention de la notion de « biodiversité », qu’il fait entrer dans le langage commun. « L’article de Terry Erwin était un petit article publié dans un petit journal, mais Edward Wilson l’a repris et popularisé, raconte Philippe Bouchet, directeur de l’unité taxonomie-collections du Muséum national d’histoire naturelle de Paris. Ça a relancé l’idée qu’on n’avait pas fini l’inventaire de la planète. »
« Signature ADN »
Un autre élément vient raviver l’intérêt déclinant pour la taxonomie. Le séquençage de l’ADN se développe et ouvre de nouvelles perspectives. En plus des caractéristiques morphologiques, l’étude du génome va aider à répondre à la question fondamentale : comment distinguer deux espèces différentes ? On découvre par exemple qu’une espèce morphologiquement unique peut cacher une dizaine d’espèces biologiquement séparées. En 2003, le biologiste canadien Paul Hebert affirme que tous les organismes vivants peuvent être distingués par un morceau de leur ADN mitochondrial. Une sorte de « code-barres », de « signature ADN », qui permet de les identifier.
Depuis, près de 600 000 espèces ont été référencées dans la base de données International Barcode of Life. « Le projet de “barcoding” a une dimension universelle, à grande échelle : on séquence le même gène pour l’ensemble du vivant, précise Nicolas Puillandre, chercheur à l’Institut de systématique, évolution, biodiversité au Muséum, et spécialiste de taxonomie moléculaire. Cette idée a permis de remobiliser des fonds et de démocratiser l’approche de la taxonomie moléculaire, même si aujourd’hui on analyse bien davantage que ce seul fragment pour avoir le plus de données possible. »
De discipline désuète et dépassée, la taxonomie est redevenue digne d’attention. Il ne lui reste plus qu’à répondre à l’autre grande question : combien y a-t-il d’espèces animales et végétales sur Terre ? Cinq millions, 10 millions, 100 millions, comme l’ont estimé certains ? Le consensus s’établit autour de 8 millions à 10 millions, dont un peu plus de 2 millions ont été décrites. « L’ordre de grandeur n’est pas si important, remarquent Barbara Réthoré et Julien Chapuis, biologistes et fondateurs de la structure NatExplorers, qui mène des expéditions d’exploration et de sensibilisation. Ce qui compte, c’est de réaliser à quel point nous sommes ignares sur l’état du vivant sur notre planète à l’heure où l’on projette d’aller sur Mars. »
Certaines espèces ont largement révélé leurs secrets. L’inventaire des grands mammifères ou des oiseaux, par exemple, est quasiment terminé. Celui de la microflore ou de la faune des abysses commence à peine. Comme tant d’autres, Eric Monnier est l’une des chevilles ouvrières qui œuvrent à percer le mystère. Depuis ses premières collections de coquillages, enfant, il consacre sa vie aux cônes de mer, une famille de jolis gastéropodes tropicaux. Il étudie l’intégralité de la littérature qui leur est consacrée, identifie, décrit, classifie. Débat avec d’autres scientifiques.
Pêche à marée basse
Cet ancien enseignant au Centre national des arts et métiers a sacrifié une pièce de son appartement parisien à sa collection personnelle. Il n’a jamais collecté lui-même aucun de ces escargots, dont on ne compte qu’une seule espèce en France, mais l’une d’elles porte son nom, donné par un collègue américain. En 2011, il a fait partie de la quinzaine de spécialistes mondiaux invités aux Etats-Unis par l’Union internationale pour la conservation de la nature pour déterminer les espèces de cônes les plus menacées. « C’est la passion de ma vie,admet-il. Ma toute petite contribution à l’étude de la vie. »
Combien sont-ils de cette espèce discrète de laborieux passionnés ? Philippe Bouchet date lui aussi de l’enfance et des heures passées à pêcher à marée basse sa fascination pour les mollusques marins. Depuis, il a grandement contribué à écrire l’inventaire du vivant : il a participé à la description de près de 700 nouvelles espèces en tant que malacologue (spécialiste des mollusques) et de milliers d’autres comme organisateur des grandes expéditions naturalistes menées par le Muséum. Il est, depuis 2006, le chef d’orchestre du programme La planète revisitée, qui vise à explorer les régions du monde où la biodiversité est la plus riche mais aussi la moins connue.
L’île d’Espiritu Santo, au Vanuatu, le Mozambique, Madagascar, la Papouasie-Nouvelle-Guinée, la Nouvelle-Calédonie… A ces missions participent plus d’une centaine de scientifiques, qui peuvent récolter en quelques semaines plus de 1 million de spécimens animaux ou végétaux. « Pour avoir des espèces nouvelles, il faut trois choses : les collecter, des gens pour les étudier et les décrire, et des journaux scientifiques pour publier ces descriptions », résume Philippe Bouchet.
Les publications électroniques ont facilité la compilation de très gros articles ainsi que l’accès à la littérature scientifique. Si les effectifs des taxonomistes sont en baisse dans les grandes structures des pays développés, ils grossissent dans les pays émergents. Les rangs des « amateurs éclairés » ne cessent aussi de croître.
Dans les souterrains du Muséum pourtant, dans le centre de Paris, s’empilent sur trois étages des millions de spécimens rangés sur des étagères, qui débordent jusque dans les bureaux. Entre la collecte d’un spécimen d’une nouvelle espèce animale et sa description s’écoulent en moyenne vingt et un ans, et même trente ans pour les plantes ! « C’est comme si vous reveniez de fouilles archéologiques au Moyen-Orient avec 2 663 tablettes couvertes d’écriture cunéiforme, constate Philippe Bouchet. Il y a six spécialistes dans le monde et ils sont surchargés. Alors vous les conservez dans un dépôt de fouilles et elles seront étudiées un jour. »
Diminution des populations
Marie-France Leccia doit elle aussi jongler avec les agendas des spécialistes. Le parc national du Mercantour, dans le sud-est de la France, où le loup a fait son retour dans les années 1990, a entrepris de réaliser l’inventaire complet de sa faune et de sa flore. Lorsqu’il est lancé en 2007, ce projet d’inventaire exhaustif est le premier d’Europe. « Je contacte les scientifiques, j’essaie de les appâter en leur expliquant ce qu’on a comme données… Parfois c’est un peu une opération séduction !, s’amuse Marie-France Leccia, qui pilote le projet. Et parfois ça se fait par hasard, parce que l’un d’entre eux passe ses vacances dans la région. »
Il y a une quinzaine d’années, environ 7 000 taxons (espèces et sous-espèces) avaient été recensés dans le parc. Depuis, ce nombre a doublé. L’inventaire des abeilles sauvages s’est achevé : le Mercantour en compte 410 espèces sur un millier pour toute la France. D’autres groupes, comme les mouches ou les guêpes, ont encore été très peu étudiés. Frédéric Billi, jeune retraité de l’éducation nationale, a, lui, arpenté le parc à plusieurs reprises pour y recenser les papillons de nuit. Entre les demandes liées aux projets d’aménagement, celles des villes ou des entreprises, lui non plus ne manque pas de sollicitations. En quatre ans, plus de 1 400 localités ont par exemple lancé des projets d’Atlas de la biodiversité communale.
Une source de lumière ultraviolette qui attire les insectes, un support blanc pour la réfléchir. La nature qui bruisse de l’activité de la faune. Et le suspense. Que va-t-il voir arriver ? Depuis son adolescence, Frédéric Billi consacre week-ends et vacances aux papillons. « Quand j’étais jeune, ça ne me dérangeait pas de passer une partie de la nuit dehors et d’aller travailler le lendemain », dit-il en souriant. Son support blanc réfléchit aussi, décennie après décennie, la diminution flagrante des populations. « A une époque, il était très difficile de faire un inventaire seul, on pouvait voir 200 espèces en une soirée. Aujourd’hui, quand on en voit la moitié on est content. On voit presque les insectes arriver au compte-gouttes. »
La disparition des habitats naturels, du fait de l’urbanisation et de l’artificialisation des sols croissantes, explique en grande partie la baisse des effectifs de papillons de nuit. A travers le monde, les populations de plantes et d’animaux s’étiolent sous les coups de boutoir des activités humaines. Les lions pourraient avoir disparu d’ici trente ans, la biomasse des insectes diminue de 2,5 % par an, les trois quarts de la planète ont été considérablement altérés. Alors que l’érosion de la biodiversité s’accélère, les taxonomistes mènent une course contre la montre perdue d’avance et décrivent parfois comme nouvelles des espèces collectées plusieurs dizaines d’années auparavant, à la manière d’astronomes décrivant des étoiles qui n’existent plus.
« Quand j’ai commencé à enseigner il y a trente ans, j’avais quelques exemples d’espèces décrites alors qu’elles avaient déjà disparu et je m’y accrochais, raconte Philippe Bouchet. Aujourd’hui, il y a plusieurs nouveaux exemples par an. Quand vous décrivez une espèce collectée il y a cinquante ans à Madagascar, qui a été complètement déforestée, vous vous dites qu’elle est peut-être éteinte. »
En Nouvelle-Calédonie, dans les années 1980, Philippe Bouchet et son équipe devaient quasiment écarter les espèces nouvelles pour en trouver des connues. Le chalut remontait de 500 mètres de fond des centaines de kilos d’une nouvelle espèce de poisson. Cet âge d’or est révolu. « Nous n’avons jamais eu autant de facilité à accéder à la littérature ou à nous déplacer, et nous avons des méthodes d’analyse performantes. Mais un tiers ou la moitié des espèces auront disparu d’ici à la moitié ou à la fin du siècle. Est-ce qu’on a tout notre temps pour collecter, échantillonner ? Il ne faut surtout pas attendre qu’on ait fini l’inventaire pour agir. »
Face à l’urgence, il conçoit ses expéditions comme des arrêts sur image pour témoigner de l’état de la biodiversité à un moment donné. Une façon d’essayer de retenir ce qui est en train de disparaître. « Pour ne pas sombrer dans un état de sidération et de pessimisme, il faut continuer à s’émerveiller de la description de nouvelles espèces,témoigne Julien Chapuis. Ça nous raccroche à ce dont on pouvait rêver quand on était enfant, à cette fascination pour le vivant. »
« Découvrir une nouvelle espèce reste quelque chose d’absolument spécial, confirme Frank Momberg. Cela donne l’espoir de pouvoir faire davantage parce que, autrement, c’est un peu David contre Goliath : on essaie de protéger la nature mais on perd, encore et encore. »D’expérience, ce zoologiste sait qu’une découverte comme celle du langur de Popa peut aider à sa conservation. « Cela génère de l’attention, davantage de budget, des mesures de protection. Le fait de décrire une espèce endémique, qui n’existe qu’en Birmanie, peut aussi être une source de fierté pour les populations locales, ce qui va leur donner envie de mieux la protéger. »
Socle indispensable
En 2018, Barbara Réthoré et Julien Chapuis ont mené la première expédition scientifique dans la forêt tropicale du Darién, au Panama. Accompagnés de quatre biologistes panaméens, ils ont réalisé un inventaire rapide de la biodiversité locale et sont partis sur les traces du singe araignée gris, décrit pour la dernière fois en 1944, mais jamais observé en milieu sauvage. Les dix jours de mission n’ont pas suffi à le retrouver. « Découvrir ce singe, ce serait un moyen de parler de cette région où la biodiversité est particulièrement menacée, notamment par la déforestation à tous crins.On s’attendait à traverser des forêts primaires et on s’est retrouvé dans des champs de monoculture de bananes plantains », se souvient Barbara Réthoré.
On ne peut protéger que ce qu’on connaît, répètent comme un mantra les taxonomistes. Mais comment passer de la connaissance à la conservation ? A quoi sert, par exemple, d’avoir un inventaire exhaustif de la faune et de la flore du parc du Mercantour ou du Costa Rica ? « Nous sommes d’abord dans une optique de connaissance pure, note Marie-France Leccia, qui admet une certaine frustration en tant que gestionnaire d’un espace protégé. Ce n’est pas parce qu’on sait qu’il y a telle espèce que l’on connaît son écologie, les menaces qui pèsent sur elle, comment mieux la gérer. On identifie les briques, on verra après comment fonctionne la maison. »
La taxonomie est la base, le socle indispensable, le préalable à tout le reste. Pas une simple collection d’espèces que l’on conserverait les unes à côté des autres, tel un philatéliste méticuleux. « On a décrit un peu plus de 2 millions d’espèces, mais on n’en connaît réellement que quelques dizaines de milliers, rappellent Julien Chapuis et Barbara Réthoré. La biodiversité n’est pas un ensemble figé. La difficulté est qu’il faut agir maintenant et en urgence sur des dynamiques du vivant qui se déploient sur des millions d’années. »
Plus qu’à protéger une espèce en particulier, les politiques de conservation visent avant tout à protéger des écosystèmes ou des espèces « parapluie » : en protégeant le tigre de Sibérie, par exemple, on protège son territoire de chasse et donc tous les organismes qui y vivent.
Cet impossible inventaire des espèces est confronté à un autre défi de taille – le principal, pour Philippe Bouchet : l’enjeu du partage des ressources génétiques. La faune et la flore peuvent en effet contenir des molécules qui auront un débouché en médecine, en cosmétique, pour l’alimentation ou l’agriculture. Le venin d’un cône de mer contient par exemple une protéine qui permet de produire des antidouleurs jusqu’à 1 000 fois plus puissants que la morphine. Le café vert de Nicoya, au Costa Rica, l’une des cinq « zones bleues » du monde – les lieux où l’on vit le plus longtemps –, est utilisé par la marque Chanel dans des produits de beauté.
« Valeur commerciale »
Pour éviter les missions menées sans aucun partage des connaissances ou des bénéfices économiques, le protocole de Nagoya, adopté en 2010, a réglementé l’accès aux ressources génétiques. Si l’intention était d’empêcher les abus, ce texte permet à de plus en plus d’Etats de refuser les permis aux équipes étrangères. Résultat, des régions entières de la planète se ferment à l’exploration.
« La biodiversité n’est plus vue comme un bien commun mais comme un stock de ressources génétiques ayant une forte valeur commerciale, regrette Philippe Bouchet. Actuellement, tout scientifique qui débarque est suspecté de venir faire de la bioprospection, alors que ces molécules ne sont pas découvertes par hasard lors des missions naturalistes ! Cette réglementation est un obstacle fantastique. »
« C’est une catastrophe absolue, abonde Hervé Le Guyader, professeur émérite de biologie évolutive à Sorbonne Université. Les pays pauvres sont persuadés d’être assis sur des tas d’or et que tous les naturalistes occidentaux vont venir les piller. » Dans la plupart des cas, ces Etats n’ont pas les moyens de mener eux-mêmes des missions d’inventaire. A cela s’ajoutent les enjeux sécuritaires. Il est loin le temps où des entomologistes du Muséum partaient tous les étés en voiture explorer l’Afghanistan.
Fin octobre, avant le deuxième confinement, une mission d’inventaire du Muséum a pu avoir lieu en Corse. Une expédition prévue en Papouasie-Nouvelle-Guinée a été reportée à 2021. A 67 ans, Philippe Bouchet entend passer la main, sans cesser de rêver à de nouveaux projets. Comme celui, par exemple, d’un inventaire exhaustif du nouveau parc national de forêts (Haute-Marne), né en 2019, pour aller explorer la biodiversité la plus « négligée » d’entre toutes : acariens, nématodes et autres champignons.
Barbara Réthoré et Julien Chapuis devraient, eux, partir explorer la biodiversité… de leur région. Il ne faut pas forcément aller au bout du monde pour s’émerveiller. « L’inventaire complet, on n’y arrivera pas, relativise de son côté Hervé Le Guyader, mais tout n’est pas foutu pour la protection de la planète. L’important, c’est de connaître le mieux possible le vivant, parce qu’on ne protège pas la forêt de la même façon en Amazonie et en France. Les solutions sont aussi locales. »